مقطع کارشناسی‌ارشد موسسه آموزش عالی آپادنا از سال 1392 در رشته مهندسی عمران فعال شده و در سال های بعد تحصیلات تکمیلی موسسه با اضافه شدن رشته های نرم افزار کامپیوتر، مهندسی معماری و معماری داخلی توسعه و گسترش یافته است.

موسسه جهت رشته های کارشناسی ارشد از طریق آزمون سراسری اقدام به پذیرش دانشجو می نماید. علاوه بر پذیرش از طریق آزمون سراسری، موسسه می تواند بر اساس آیین نامه وزارت علوم به پذیرش از میان دانش آموختگان ممتاز کارشناسی پیوسته که دارای معدل 17 به بالا بوده و در میان 10 درصد دانشجویان برتر هم ورودی خود باشند اقدام نماید.

با توجه به توسعه و اهمیت دوره‌های تحصیلات تکمیلی و نیاز روزافزون به اعمال مدیریت مستقل و متمرکز بر امور این دوره‌ها، مدیریت تحصیلات تکمیلی موسسه از سال 1394 در حوزه معاونت آموزشی تأسیس و بر امور پذیرش، ثبت‌نام، تحصیل در دوره‌های تخصصی و فراغت از تحصیل دانشجویان کارشناسی‌ارشد مدیریت می‌نماید.

برای آشنایی با مدیر و کارشناس تحصیلات تکمیلی موسسه و وظایف آنها به قسمت مدیریت تحصیلات تکمیلی موسسه مراجعه نمایید.